ब्रम्हांड के पुनः सृजन से पहले ब्रह्मा जी के मुख से वेदों का ज्ञान निकला | इस ज्ञान को हयग्रीव नाम के एक असुर ने चुरा लिया | हयग्रीव एक ऐसा असुर था जिसका सर घोड़े का था और धड़ मनुष्य का | उसके ऐसे कृत्य से ब्रह्मा जी चीर निद्रा में चले गए और धरती का संतुलन बिगड़ गया | तब सृष्टि को सुचारू रूप से चलाने और सुरक्षित रखने के लिए भगवान् विष्णु ने मत्स्य अवतार लिया |

राजा सत्यव्रत रोज की भाँती जल में खड़े होकर सूर्य को अर्घ्य दे रहे थे | इतने में उनके सामने एक छोटी सी मछली आई | उसने राजा से विनम्रता से आग्रह किया की वो उसे अपने कमंडल में शरण दे  दें | ये सुनकर राजा ने उस मछली को उठा अपने कमंडल में डाल दिया | कमंडल में डालते ही उस मछली का आकार कमंडल के सामान हो गया | राज महल पहुँच कर राजा ने मछली को एक पात्र में डाल दिया | पात्र में डालते ही  मछली का आकार उस पात्र के बराबर हो गया | तब राजा सत्यव्रत ने उस मछली को समुद्र में डालने को कहा तो समुद्र में डालते ही वो मछली समुद्र के बराबर हो गयी और अपने असली रूप में आई | 

भगवान् विष्णु का ये रूप देखकर राजा अभिभूत हो उठा | तब भगवान् विष्णु ने अपने अवतार का कारण बताया | उन्होंने एक विशाल नाव का वर्णन किया जिसमे राजा को पृथ्वी की सारी अनमोल वस्तुओं को भरना था | 

शेषनाग को रस्सी के सामान प्रयोग कर भगवान मत्स्य रूप में ही उस नाव को सुमेरु पर्वत तक ले गए | इससे पहले उन्होंने एक युद्ध में हयग्रीव राक्षस का वध करके उससे बालक रुपी वेदों को भी छुड़ाया और ब्रह्मा जी को पुनः लौटा दिया | 

इस प्रकार भगवान् के मत्स्य अवतार ने पृथ्वी की उन सभी अनमोल वस्तुओं को सुरक्षित रखा जो आगे के सृजन में काम आई |